Evaluating a maximum likelihood expression using datamasks in R
我正在尝试使用数据掩码评估最大似然表达式。这个想法是允许在函数内按名称调用参数和变量,同时避免多次调用 attach() 和 detach()。这是一个非常简单的小示例,实际功能非常庞大且复杂。
|
1
2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 |
set.seed(1)
# Data # Log likelihood function # Parameters # Run the model with attach()/detach() |
这很好用,但是,我必须调用 attach() 和 detach()。要按名称访问参数,我需要将 param 转换为对数似然函数内的列表,然后调用 attach()/detach()。这不仅是混乱的,而且对于大型函数和数据,它会产生不必要的开销。我一直在研究的一种可能性是使用 rlang 包和package函数,这些函数主要是为表达式的整洁评估而编写的。
现在,仅创建数据掩码并尝试评估对数似然函数不起作用:
|
1
2 |
mask <- as_data_mask(db)
eval_tidy(quo(maxLik::maxLik(ll_lik, start = param)), mask) |
它无法访问数据掩码 (Error in fnOrig(theta, …) : object ‘x’ not found) 中的对象。也许问题出在 maxLik 上,但我什至无法评估 ll_lik(),这给出了同样的错误:
|
1
|
eval_tidy(quo(ll_lik(param)), mask)
|
但这有效:
|
1
|
eval_tidy(quo(x*3), mask)
|
所以,我开始怀疑 ll_lik() 有”错误”父级,这就是为什么我的数据掩码可能不在函数的搜索路径中,因此找不到变量。现在,as_data_mask() 的帮助部分确实提供了一些示例,说明如何通过创建顶层、中层和底层环境来”嵌套”环境。好的,让我们看看我是否可以将我的函数创建为数据掩码结构的一部分:
|
1
2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 |
call_stack <- function() {lobstr::cst()}
# Create a new environment (child of empty) that takes a list of objects to populate it # Create a child of the”top” environment” # Create a child of the”middle environment and add the data object to it # Create a data_mask where the bottom contains the masking elements and the top |
很遗憾,我仍然无法访问 x。我什至没有在这里尝试 maxLik 函数。所以为了尝试更深入地挖掘,我开始搞乱调用堆栈。
|
1
|
eval_tidy(call_stack(), data = new_mask)
|
确实,如果我没看错的话,函数的父级就是全局环境。
|
1
2 3 4 |
█
1. ├─rlang::eval_tidy(call_stack(), data = new_mask) 2. └─global::call_stack() 3. └─lobstr::cst() |
但是,我不知道如何进行这项工作。任何帮助深表感谢。
奖励:如果我能够在 maxLik 中按名称调用参数而不调用 attach()/detach(),那就太棒了。
- 你好!我不是 datamasks 方面的专家,所以我无法评论如何使用该方法访问 db 中的对象,但我只是想知道一个(也许是愚蠢的)问题。我在 maxLik 函数的帮助页面上读到以下句子:”… : […] 优化器未使用的参数被转发到 logLik、grad 和 hess”。我认为您可以使用参数 x、y 和 z 定义 ll_lik 函数,然后使用 db$x 或使用 with 函数传递相应的值。如果你愿意,我可以用这种方法提供更详细的答案。
- 是的,使用 attach() 是为了避免必须将 db$ 放在所有变量的前面(在某些情况下有很多)。我想在遇到类似问题之前我已经尝试过使用 with() 函数。如果我对 with() 的理解正确,它的功能类似于数据掩码,但数据掩码可以包含您可能希望在对数似然函数中访问的数据、函数和其他对象。我可能也误解了这一点。
一种选择是创建一个package器,将 ll_lik 的主体评估为表达式,db 作为上下文:
|
1
2 3 4 5 |
llwrap <- function(param) {
eval( body(ll_lik), db ) } model <- maxLik::maxLik(llwrap, start=param) # Works |
编辑解决您的问题:是的, body() 返回一个表达式,因此您可以在该表达式中使用您想要的任何名称,只要您在评估时提供适当的上下文。但是,如果您要将函数体与其参数列表完全分离,为什么不从头开始将其定义为表达式呢?
|
1
2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 |
ll_expr <- rlang::expr({ # An expression, not a function
pr_1 <- 1 / (1 + exp(-(p1*x – p2*y))) # <– now using p1, p2 pr_2 <- 1 – pr_1 lik <- z * pr_1 + (1 – z) * pr_2 log(lik) }) llwrap2 <- function(param) { model <- maxLik::maxLik(llwrap2, start=param) # Works |
- 有趣的。我不知道 body()。这种方法是否也可以扩展以允许 param 的元素也可以按名称调用,而不是 param[1]、param[2] 等?
- 非常感谢您更新的答案。这绝对是朝着正确方向迈出的一步。我将在更大的代码的上下文中对您的解决方案进行一些尝试,以了解它的行为方式。干杯。
- 我对这个问题和答案很感兴趣,您正在做的事情的更广泛用途是什么,或者主要是在您处理存储在数据框中的内容时?我喜欢不创建环境的想法,您是否有任何其他类似问题的链接以获得更广泛的理解?谢谢
- @user63230:从技术上讲,它正在创建一个环境。 eval() 会将作为第二个参数提供的列表转换为环境,其中将评估第一个参数(表达式)。这个答案中的 eval 模式基本上只是一个复杂的 with()。考虑 with( mtcars, mpg*cyl )。通过将表达式存储在变量 e <- rlang::expr(mpg*cyl) 中,我们可以延迟其计算直到 mtcars 准备好:eval( e, mtcars )。这就是这里发生的一切。数据帧是最典型的情况,但是任何带有变量掩码的东西都是公平的。
- 谢谢,所以它只是用于变量掩码,类似于 mutate 所以…. 我的意思是创建一个环境是你不必显式创建一个例如envr <- new.env() 然后填充它!
- @user63230 在表达式评估的上下文中,您可以将列表、数据框和环境视为可互换的。所以,是的,这是真的:我们没有显式调用 new.env()。但是,我们使用 c( as.list(db), as.list(param) ) 显式创建一个列表,然后通过 eval() 将其隐式转换为环境。
来源:https://www.codenong.com/61834186/
